无功补偿装置与谐波相互作用，不当的配置会导致谐波放大甚至系统谐振，需要采取合理的抑制措施。
谐波源主要来自变频器、整流器、电弧炉等非线性负荷。这些设备产生的谐波电流注入系统，会在电网阻抗上产生谐波电压。当并联电容器与系统电感形成谐振时，谐波电流会被放大数十倍，导致电容器过流、过热、甚至爆炸。典型的谐振频率计算为f_res = 1/(2π√(L_s C))，其中L_s为系统短路电感，C为补偿电容。若f_res接近某次谐波频率，则发生并联谐振。
抑制谐波的基本方法是串联电抗器。电抗器与电容器串联后，改变谐振频率。电抗率（XL/XC）的选择取决于主要谐波次数。对于5次谐波（250Hz），选用电抗率6%或7%；对于3次谐波（150Hz），选用14%或12%电抗率。电抗器的额定电流需包含基波电流和谐波电流，通常取电容器电流的1.3倍。电抗器应具有线性特性，铁芯气隙均匀，避免磁饱和。
对于谐波严重且频繁变化的场合，可采用调谐滤波器。将电容器和电抗器串联成特定谐振频率的支路，吸收谐波。例如，5次滤波器调谐频率为245-255Hz，7次为345-355Hz。滤波支路除了补偿无功，还能大幅度降低谐波畸变率。通常需要设计多组不同谐振频率的支路并联，称为无源滤波器。
采用SVG也能解决谐波问题。SVG本身不产生谐波，还能提供有源滤波功能（APF）。通过检测谐波电流，产生反向补偿电流，动态消除2至50次谐波。有源滤波器的响应速度更快，且不会与系统发生谐振。但成本较高，适用于对电能质量要求极高的场合。
在工程设计时，应先进行谐波测试，了解用户系统的背景谐波含量和阻抗特性。若谐波畸变率THDv超过4%，应采取滤波措施。此外，选择电容器时，应选用谐波型电容器（过电流能力更强），其额定电流应包含谐波分量。普通电容器仅能承受30%的过电流，谐波型可达60%。
运行维护中，应定期测量谐波。若发现谐波超标，或电容器频繁损坏，需及时添加电抗器或改造为滤波装置。对于已安装的电抗器，检查其电抗率是否匹配，防止电抗器过载烧毁。
